利用拉曼光谱进行DNA甲基化检测的无标记检测方法

1：实验设计与方法选择：

本研究采用基于亚硫酸氢盐转化的DNA甲基化检测技术，合成甲基化与非甲基化寡核苷酸探针及靶标序列。通过拉曼光谱获取光谱数据，并运用主成分分析结合线性判别分析（PCA-DA）进行分类。

2：样本选择与数据来源：

CDH1和RARB基因的探针与靶标寡核苷酸序列由Macrogen公司定制，包含甲基化/非甲基化探针、靶标及其杂交样本。

3：实验设备与材料清单：

配备785 nm二极管激光器的台式拉曼光谱仪（布鲁克光学）、×50物镜、SERS基底及OPUS 7.1基线校正软件。寡核苷酸溶解于无DNase/RNase水中。

4：1基线校正软件。寡核苷酸溶解于无DNase/RNase水中。 实验流程与操作步骤：

4. 实验流程与操作步骤：寡核苷酸溶解后室温杂交5分钟，-70°C保存并冻干，随后采集拉曼光谱。检测范围417–1782 cm−1，分辨率0.5 cm−1，积分时间60秒，每样本重复5次。经1002 cm−1归一化处理及基线校正。

5：5 cm−1，积分时间60秒，每样本重复5次。经1002 cm−1归一化处理及基线校正。 数据分析方法：

5. 数据分析方法：先通过PCA区分光谱特征，再采用LDA进行两组分类。使用R软件（3.2.5版）的prcomp()和lda()函数计算灵敏度、特异度及错误率。